Podatnicy popełniający błędy w rozliczaniu VAT, które spowodują zaniżenie zobowiązania podatkowego, zawyżenie nadwyżki VAT, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe muszą liczyć się z konsekwencjami w postaci wymierzenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 20%, 30%, a nawet 100% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego albo kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe.

Ponadto po nowelizacji z przepisów będzie wynikało, że w sytuacji, gdy w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, podatnik złoży korektę deklaracji i najpóźniej w dniu złożenia tej korekty deklaracji wpłaci kwotę zobowiązania podatkowego lub zwróci nienależną kwotę zwrotu, wówczas dodatkowa sankcja w VAT wyniesie 15% kwoty uszczuplenia podatkowego.

Ponadto doprecyzowano, że wpłata kwoty zaniżonego zobowiązania podatkowego lub zwrotu nienależnej kwoty zwrotu – stanowiąca przesłankę zastosowania dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 20% kwoty uszczuplenia podatkowego – ma nastąpić najpóźniej w dniu złożenia deklaracji bądź korekty deklaracji.