Przypominamy, że wniosek o zwrot podatku od wartości dodanej należy złożyć do administracji podatkowej państwa członkowskiego zwrotu, za pośrednictwem właściwego dla podatnika naczelnika urzędu skarbowego, nie później niż do 30 września roku następującego po okresie zwrotu. Aby ułatwić podatnikom wypełnienie formularzu na stronie internetowej Ministerstwa Finansów umieszczony został interaktywny formularz o nazwie VAT-REF, za pomocą którego drogą elektroniczną można składać wnioski o zwrot podatku VAT. Zamieszczono tam również instrukcję do wypełnienia tego formularza. Za datę złożenia wniosku uznaje się przyjęcie wniosku przez system e-Deklaracje.

Po przekazaniu wniosku do polskiego systemu VAT-REFUND z systemu e-Deklaracje zostanie automatycznie wysłana wiadomość z informacją o nadaniu numeru referencyjnego wniosku w systemie VAT-REFUND z konta funkcyjnego urzędu, do którego skierowano wniosek. Dalsza korespondencja dotycząca wniosku VAT-REF z kraju członkowskiego siedziby, jak i kraju członkowskiego zwrotu jest opatrywana numerem referencyjnym wniosku.

Gdy zostaną potwierdzone uprawnienia podatnika do ubiegania się o zwrot podatku od wartości dodanej urząd skarbowy przekazuje wniosek do państwa członkowskiego zwrotu w terminie 15 dni kalendarzowych od daty jego otrzymania.